本末倒置是比喻主要的与次要的颠倒。
舍本逐末是比喻舍弃事物的根本的、主要的部分， 而去追求细枝末节。
2个都有主次关系处理不当的意思， 本末倒置是强调把主次关系颠倒： 舍本逐末是丢掉主要的，追求次要的。
一个“颠倒”主要次要，一个“舍弃”主要只追求了次要的。
一是意义不同。“舍本逐末”多指处理事情而言。“本末倒置”多指评论事理而言。
二是用法不同。“舍本逐末”作谓语部分时，主语多指一件事，一种做法；而“本末倒置”作谓语部分时，主语多指一种理论，一种说法。
三，“舍本逐末”作定语时，多用“办法”“方法”“措施”“做法”等为中心词。“本末倒置”作定语时，多用“说法” “提法”“结论”等为中心词。
