十二时辰的纪时法，来自于中国古代的天干地支。从近一百多年出土的殷墟甲骨卜辞中，人们发现有大量用于纪日的干支记录，说明早在殷商时代就已普遍的使用干支了。
据《史记·律书》和《说文解字》等书所载，史学家认为人们发明干支最初并非用于纪日的。
十天干名称清楚地表明了天干是一年中十个时节的物候：甲：植物破甲之时；乙：屈曲生长之时；丙：天气明亮之时；丁：丁壮之时；戊：丰茂之时；己：纪识之时；庚：成熟之时；辛：更新之时；壬：怀妊之时；癸：揆度之时。
十二地支清楚地表明了一年中植物生长过程的十二个时节：子：万物孳生之时；丑：扭曲萌发之时；寅；发芽生长之时；卯：破土出苗之时；辰：舒展生长之时；巳：阳气盛壮之时；午：阴阳交替之时；未：尝新之时；申：成熟之时；酉：煮酒之时；戌：衰老枯黄之时；亥：收藏之时。
将天干和地支配合起来，组成60个数的周期用以纪日，后来又用来纪年和纪月和纪时。干支纪时方法稍为复杂一些。古时将一昼夜分成十二个时辰，用地支表示。宋代以后又将每个时辰均分为初、正两段，这样一昼夜可分为24个时段。清代引进西方的24小时制，一个时辰相当于两个小时，规定夜晚23时至第二日1时为子时，子初为23时，子正为0时；而从1时至3时为丑时，丑初为1时，丑正为2时，依此类推。
如上表所示，按照日干，也就是这一天的干支纪日，有所对应的时辰干支。比如逢甲、己日，子时为甲子时；逢乙、庚日，子时为丙子时，依此类推。人们口语中的“生辰八字”，就是年、月、日、时的干支，一共八个字，也叫四柱。
上图梁启超先生
天干地支的起源，众说纷纭，没有形成统一的说法。
战国末期的史书《世本》说：“容成作历，大桡作甲子。”《尚书正义》解释说：“二人皆黄帝之臣”，盖自黄帝以来，始用甲子纪日，每六十日而甲子一周。
梁启超先生在《国文语原解》中主张，干支应与罗马、腓尼基和希腊文字母等同看待。并认为此二十二字与腓尼基的二十二字母关联。
郭沫若先生认为，“十天干”纯属于十进位计数法的自然发生，而十二地支起源于古巴比伦的黄道十二宫。
郑文光先生在《中国天文学源流》中认为，“十天干”起源于古代伏羲和“生十日”的传说，“十二地支”则由常羲“生月十有二”的神话传说演变而来。
谢谢邀请！看到“古代的计时方法为什么是每天十二个时辰？”这样一个题目后，虽然说想法颇多，但是我始终都不敢随意动笔！因为我一直都在思考和审视（读）着今天的题目，如何去回答才能尽力避免偏题离题过远！
我们知道，天干地支（简称干支）源自中国远古时代对天象的预测，“甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸”称为十天干，“子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥”称为十二地支。这十天干与十二地支依次相配，组成六十个基本单位，两者按固定的顺序相互配合，组成了干支纪元法——古代纪年历法。
干支的发明标志着最原始的历法出现（当然中国确切的纪元开始乃为公元前841年，岁次庚申，猴年，自那时起就一直沿续至今）。在这里我们可以想见，在古代文明刚创立的时代，时间计数，必定是很困难的。所以，从文字当中可以看到早期只有区分为三个时段，分别为早、中、晚，可是在实际应用上，又带来诸多不便。于是，古代人类又根据太阳影子的移动发明了”日晷“（又称“日规”）而测时刻。其原理就是利用太阳的投影来测定并划分时刻，当然发明之初记时或还是“粗糙的”，对计时的方法或还不是“非常的精密”。另据《左传·昭公五年》杜预《注》，就载有十二时辰的完整名目记载：夜半、鸡鸣、平旦、日出、食时、隅中、日中、日跌、晡时、日入、黄昏、人定。此也暗合了“十二地支”应用上的方便，于此我们可以大胆的揣测，或“日晷”测时也臻于“更加的精密”，以至到了后来的汉武帝时，就以十二地支来代表十二时辰，此也代替了原先的夜半、鸡鸣、平旦。每一时辰又分为两个小时段，如子时为子初、子正，丑时为丑初、丑正······亥初、亥正。这样，一昼夜十二时细分为二十四小时，和现在的用法已完全一致了。
还有就是，我们的老祖宗所发明的利用“日晷”（注：发明于约在公元前1000年时的西周初期）计时的方法（注：此也是人类在天文计时领域的重***明），更被人类沿用达几千年（至明、清）之久，这真的是不得不令人赞叹和自豪啊！！！
